Bio :: Graphics :: لوحة Bio :: Graphics :: Panel هو وحدة بيرل لتوليد صور GD من كائنات BIO :: SEQ.
التحميل الان

Bio :: Graphics :: لوحة الترتيب والملخص

Bio :: Graphics :: لوحة العلامات

الوحدة النمطية بيرل انشاء جي توليد صور GD

Bio :: Graphics :: لوحة وصف

Bio :: Graphics :: Panel هو وحدة بيرل لتوليد صور GD من كائنات Bio :: SEQ. Bio :: Graphics :: Panel هي وحدة بيرل لتوليد صور GD من Bio :: SEQ.Synopsis # هذا البرنامج النصي يوزع ملف Genbank أو Embl المسمى على سطر الأمر # وينتج عن تقديم نظام PNG منه. نسميها مثل هذا: # render.pl my_file.embl | عرض - استخدم صارمة؛ استخدام Bio :: الرسومات؛ استخدم Bio :: Seqio؛ بلدي ملف $ = التحول أو يموت "توفير ملف تسلسل كوسيطة"؛ بلدي $ io = bio :: seqio-> جديد (-file => $ ملف) أو يموت "تعذر إنشاء bio :: seqio"؛ My SEQ $ SEQ = $ iO-> next_seq أو Die "تعذر العثور على تسلسل في الملف"؛ بلدي features = $ seq-> all_seqfeatures؛ # فرز الميزات من خلال علاماتهم الأساسية بلدي sorted_features؛ للحصول على $ f (features) {my $ tag = $ f-> primany_tag؛ دفع @ {$ sorted_features {$ tag}}، $ f؛ } بلدي لوحة $ = Bio :: Graphics :: Panel-> جديد (-length => $ seq-> الطول، lecommenty_style => "بين"، -Width => 800، pad_left => 10، pad_right => 10،)؛ $ panice-> add_track (arrow => bio :: seqfeature :: generic-> جديد (-start => 1، -end => $ seq-> الطول)، -Bump => 0، -Double => 1، - حدد => 2)؛ $ panes-> add_track (generic => bio :: seqfeature :: generic-> جديد (-start => 1، -end => $ seq-> الطول)، -جليف => 'generic'، -bgcolor => ' الأزرق "، -Label => 1،)؛ # الحالة العامة بلدي colors = qw (سماوي البرتقالي الأزرق الأرجواني الأخضر chartreuse magenta الأصفر أكوا)؛ بلدي $ IDX = 0؛ لبلدي $ TAG (مفاتيح الترتيب sorted_features) {ميزات $ $ = $ sorted_features {$ tag}؛ $ PACK-> Add_Track (ميزات $، -Glyph => "Generic"، -BGColor => $ الألوان ، -fgcolor => 'black'، -font2color => 'الأحمر' > "$ {tag} s"، -Bump => +1، -Height => 8، -label => 1، -Description => 1،)؛ } طباعة $ panel-> PNG؛ $ لوحة-> الانتهاء؛ الخروج من 0؛ توفر فئة لوحة BIO :: لوحة الرسم خدمات الرسم والتنسيق لأي كائن يقوم بتنفيذ واجهة Bio :: SeqFeaturei، بما في ذلك ACE Sequence :: ميزة و DAS :: Segments :: كائنات ميزة إضافية. يمكن استخدامه لرسم التعليقات التوضيحية للتسلسل، أو خرائط مادية (Contig)، أو أي نوع آخر من الخريطة التي تحتاج إلى وضع مجموعة من النطاقات المنفصلة على خط الأرقام. تدعم الوحدة النمطية نمط الرسم الذي كل نوع من الميزات تحتل "مسار" منفصل يمتد عرض العرض. سيكون لكل مسار "خطي" مميزا خاصا به، وهو تمثيل رسومي قابل للتكوين للميزة. تدعم الوحدة النمطية أيضا أسلوبا أكثر مرونة حيث يمكن أن تشغل العديد من أنواع الميزات المختلفة والرسوم العرقية المرتبطة نفس المسار. يختار اختيار Glyph للتحكم في وقت التشغيل. يتم دعم التكبير الأكياس (على سبيل المثال، تغيير نوع الرمز الرملي اعتمادا على كثافة الميزات) بواسطة نظام رد الاتصال لمتغيرات التكوين. تحتوي الوحدة النمطية على دعم مدمج ل Bio :: DAS StyleShets، ويمكن التهيئة التي يحركها ورقة الأنماط مع التكبير الفلالي، إذا كانت المرغوبة. يمكنك إضافة مفتاح إلى الصورة التي تم إنشاؤها باستخدام أي من أنماطا رئيسيتين. يضع أسلوب واحد التسميات التوضيحية الرئيسية في الجزء العلوي من كل مسار. ينشئ النمط الآخر مفتاحا رسما في أسفل الصورة. ملاحظة أن هذه الوحدة تعتمد على GD. يعتمد إخراج SVG الاختياري على GD :: SVG و SVG.Requirements: متطلبات بيرل: perl.

Bio :: Graphics :: لوحة برامج ذات صلة