Bio :: DB :: Seqfeature :: Store bio :: db :: seqfeature :: المتجر هو وحدة بيرل لتخزين واسترجاع بيانات التعليق التوضيحي التسلسل.
التحميل الان

Bio :: DB :: Seqfeature :: Store الترتيب والملخص

Bio :: DB :: Seqfeature :: Store العلامات

تخزين الوحدة النمطية بيرل تسلسل حاشية. ملاحظة تخزين بيانات التعليق استرداد بيانات التوضيحية

Bio :: DB :: Seqfeature :: Store وصف

Bio :: DB :: Seqfeature :: Store هو وحدة بيرل لتخزين واسترجاع بيانات التوضيحية التسلسلية. Bio :: DB :: Seqfeature :: Store هو وحدة بيرل لتخزين واسترجاع التسلسل التوضيحي بيانات التعليق. استخدم Bio :: DB :: Seqfeature :: Store؛ # افتح قاعدة بيانات الميزة بلدي $ DB = Bio :: DB :: SeqFeature :: Store-> جديد (-Adaptor => 'DBI :: MySQL'، -DSN => 'DBI: MySQL: Test'، -WRite => 1) # احصل على ميزة من مكان ما ميزة $ = Bio :: Seqfeature :: Generic-> جديد (...)؛ # تخزينه $ db-> متجر (ميزة $) أو يموت "لا يمكن تخزين!"؛ # يتم تغيير المعرف الأساسي للميزة للإشارة إلى معرفها الأساسي في قاعدة البيانات ... لي معرف $ = ميزة $-> PRIMAND_ID؛ # احصل على الميزة مرة أخرى من $ f = $ db-> fetch ($ معرف)؛ # تغيير الميزة وتحديثه $ f-> البدء (100)؛ $ DB-> تحديث ($ F) أو يموت "لا يمكن تحديث!"؛ # البحث ... # ... عن طريق معرف بلدي @ = $ db-> fetch_many (@ @ _of_ids)؛ # ... بالاسم veatures = $ db-> get_features_by_name ('zk909')؛ # ... بواسطة AliasFeatures = $ db-> get_features_by_alias ('sma-3')؛ # ... حسب النوع features = $ db-> get_features_by_name ('gene')؛ # ... حسب الموقع features = $ db-> get_features_by_location (-Seq_ID => 'chr1'، - البدء => 4000، -end => 600000)؛ # ... حسب السمة features = $ db-> get_features_by_attribute ({الوصف => 'protein kinase'}) # ... بواسطة GFF "ملاحظة" Result_List = $ db-> search_notes ('kinase')؛ # ... عن طريق مجموعات تعسفية من محددات deatures = $ DB-> الميزات (-NAME => $ اسم، -Type => أنواع $، -Seq_ID => $ seqid، -start => $ start، -end => $ End، يدايا => سمات $)؛ # ... باستخدام جهاز كمتقلي My Leaterator = $ DB-> Get_SeQ_Stream (-NAME => $ Name، -Type => أنواع $، -Seq_ID => $ seqid، -start => $ ابدأ، -ند => $ نهاية، يدايا => سمات $)؛ بينما (ميزة $ $ = $ Iterator-> next_seq) {# افعل شيئا مع الميزة} # ... الحد من البحث إلى منطقة معينة بلدي قطاعي $ = $ DB-> الجزء ('Chr1'، 5000 => 6000) ؛ My Features = $ Segment-> ميزات (-Type => )؛ # الحصول على وتخزين معلومات التسلسل # تحذير: هذا إرجاع سلسلة، وليس كائن أساسي $ DB-> INSERT_SENENCE ('Chr1'، 'gatccccgggattccaaaa ...')؛ بلدي تسلسل $ = $ db-> fetch_tallyce ('chr1'، 5000 => 6000)؛ # إنشاء ميزة جديدة في قاعدة البيانات الخاصة بي ميزة $ = $ db-> new_feature (-primary_tag => 'mrna'، -seq_id => 'chr3'، -start => 10000، end => 11000)؛ # تحميل ملف Gff3 بأكمله، باستخدام Loader Gff3 ... My $ Loader = Bio :: DB :: Seqfeature :: Store :: GFFF3Loader-> جديد (-STORE => $ DB، -verbose => 1، -fast => 1)؛ $ loader-> تحميل ('./ my_genome.gff3')؛ متطلبات: perl.

Bio :: DB :: Seqfeature :: Store برامج ذات صلة