Bio :: DB :: Seqfeature :: Store :: DBI :: MySQL Bio :: DB :: Seqfeature :: Store :: DBI :: MySQL هو تطبيق MySQL من Bio :: DB :: Seqfeature :: Store.
التحميل الان

Bio :: DB :: Seqfeature :: Store :: DBI :: MySQL الترتيب والملخص

Bio :: DB :: Seqfeature :: Store :: DBI :: MySQL العلامات

قاعدة البيانات الوحدة النمطية بيرل تخزين قاعدة البيانات DBI.

Bio :: DB :: Seqfeature :: Store :: DBI :: MySQL وصف

Bio :: DB :: Seqfeature :: Store :: DBI :: MySQL هو تطبيق MySQL من Bio :: DB :: Seqfeature :: Store. Bio :: DB :: Seqfeature :: Store :: DBI :: MySQL هو تطبيق MySQL من Bio :: DB :: Seqfeature :: Store.synopsis استخدم Bio :: DB :: Seqfeature :: Store؛ # فتح قاعدة بيانات التسلسل بلدي $ db = bio :: db :: seqfeature :: store-> جديد (-Adaptor => 'dbi :: mysql'، -dsn => 'dbi: mysql: اختبار')؛ # احصل على ميزة من مكان ما ميزة $ = Bio :: Seqfeature :: Generic-> جديد (...)؛ # تخزينه $ db-> متجر (ميزة $) أو يموت "لا يمكن تخزين!"؛ # يتم تغيير المعرف الأساسي للميزة للإشارة إلى معرفها الأساسي في قاعدة البيانات ... لي معرف $ = ميزة $-> PRIMAND_ID؛ # احصل على الميزة مرة أخرى من $ f = $ db-> fetch ($ معرف)؛ # تغيير الميزة وتحديثه $ f-> البدء (100)؛ $ DB-> تحديث ($ F) أو يموت "لا يمكن تحديث!"؛ # البحث ... # ... عن طريق معرف بلدي @ = $ db-> fetch_many (@ @ _of_ids)؛ # ... بالاسم veatures = $ db-> get_features_by_name ('zk909')؛ # ... بواسطة AliasFeatures = $ db-> get_features_by_alias ('sma-3')؛ # ... حسب النوع features = $ db-> get_features_by_name ('gene')؛ # ... حسب الموقع features = $ db-> get_features_by_location (-Seq_ID => 'chr1'، - البدء => 4000، -end => 600000)؛ # ... حسب السمة features = $ db-> get_features_by_attribute ({الوصف => 'protein kinase'}) # ... بواسطة GFF "ملاحظة" Result_List = $ db-> search_notes ('kinase')؛ # ... عن طريق مجموعات تعسفية من محددات deatures = $ DB-> الميزات (-NAME => $ اسم، -Type => أنواع $، -Seq_ID => $ seqid، -start => $ start، -end => $ End، يدايا => سمات $)؛ # ... باستخدام جهاز كمتقلي My Leaterator = $ DB-> Get_SeQ_Stream (-NAME => $ Name، -Type => أنواع $، -Seq_ID => $ seqid، -start => $ ابدأ، -ند => $ نهاية، يدايا => سمات $)؛ بينما (ميزة $ $ = $ Iterator-> next_seq) {# افعل شيئا مع الميزة} # ... الحد من البحث إلى منطقة معينة بلدي قطاعي $ = $ DB-> الجزء ('Chr1'، 5000 => 6000) ؛ My Features = $ Segment-> ميزات (-Type => )؛ # الحصول على وتخزين معلومات التسلسل # تحذير: هذا إرجاع سلسلة، وليس كائن أساسي $ DB-> INSERT_SENENCE ('Chr1'، 'gatccccgggattccaaaa ...')؛ بلدي تسلسل $ = $ db-> fetch_tallyce ('chr1'، 5000 => 6000)؛ # إنشاء ميزة جديدة في قاعدة البيانات الخاصة بي ميزة $ = $ db-> new_feature (-primary_tag => 'mrna'، -seq_id => 'chr3'، -start => 10000، end => 11000)؛ متطلبات: perl.

Bio :: DB :: Seqfeature :: Store :: DBI :: MySQL برامج ذات صلة