Bio :: الرسومات إنشاء صور GD من كائنات BIO :: SEQ
التحميل الان

Bio :: الرسومات الترتيب والملخص

Bio :: الرسومات العلامات

الوحدة النمطية بيرل بيرل صور جي صور جي دي

Bio :: الرسومات وصف

توليد صور GD من كائنات Bio :: SEQ Bio :: Graphics هو وحدة بيرل لتوليد صور GD من Bio :: SEQ.Synopsis # هذا البرنامج النصي يولد صورة PNG لمنطقة 10K التي تحتوي على مجموعة من الميزات الحمراء ومجموعة من الميزات الزرقاء. نسميها مثل هذا: # red_and_blue.pl> redblue.png # يمكنك الآن عرض الصورة مع تطبيق الصور المفضل لديك # هذا البرنامج النصي يوزع ملف GENBANK أو EMBL المسمى على سطر الأمر والأمر وينتج عنه جاذبية PNG منه. نسميها مثل هذا: # render.pl my_file.embl | عرض - استخدم صارمة؛ استخدام Bio :: الرسومات؛ استخدم Bio :: Seqio؛ بلدي ملف $ = التحول أو يموت "توفير ملف تسلسل كوسيطة"؛ بلدي $ io = bio :: seqio-> جديد (-file => $ ملف) أو يموت "تعذر إنشاء bio :: seqio"؛ My SEQ $ SEQ = $ iO-> next_seq أو Die "تعذر العثور على تسلسل في الملف"؛ بلدي features = $ seq-> all_seqfeatures؛ # فرز الميزات من خلال علاماتهم الأساسية بلدي sorted_features؛ للحصول على $ f (features) {my $ tag = $ f-> primany_tag؛ دفع @ {$ sorted_features {$ tag}}، $ f؛ } بلدي $ wholeseq = bio :: seqfeature :: generic-> جديد (-start => 1، end => $ seq-> الطول)؛ بلدي لوحة $ = Bio :: Graphics :: Panel-> جديد (- طول => $ SEQ-> الطول، -مني_STYLE => 'بين'، -Width => 800، -pad_left => 10، pad_right => 10 ،)؛ $ panel-> add_track ($ wholeseq، -glyph => 'arrow'، -Bump => 0، -Double => 1، -tick => 2)؛ $ panel-> add_track ($ wholeseq، -glyph => 'generic'، -bgcolor => 'blue'، label => 1،)؛ # الحالة العامة بلدي colors = qw (سماوي البرتقالي الأزرق الأرجواني الأخضر chartreuse magenta الأصفر أكوا)؛ بلدي $ IDX = 0؛ لبلدي $ TAG (مفاتيح الترتيب sorted_features) {ميزات $ $ = $ sorted_features {$ tag}؛ $ PACK-> Add_Track (ميزات $، -Glyph => "Generic"، -BGColor => $ الألوان ، -fgcolor => 'black'، -font2color => 'الأحمر' > "$ {tag} s"، -Bump => +1، -Height => 8، -label => 1، -Description => 1،)؛ } طباعة $ panel-> PNG؛ الخروج 0؛ متطلبات: perl.

Bio :: الرسومات برامج ذات صلة