Bio :: أدوات :: Run :: Tribemcl Bio :: أدوات :: Run :: Tribemcl هي طريقة للتجميع البروتينات في مجموعات ذات صلة، والتي تسمى "عائلات البروتين".
التحميل الان

Bio :: أدوات :: Run :: Tribemcl الترتيب والملخص

Bio :: أدوات :: Run :: Tribemcl العلامات

الوحدة النمطية بيرل تجمع البروتينات التجميع أسر البروتين البروتينات

Bio :: أدوات :: Run :: Tribemcl وصف

Bio :: أدوات :: Run :: Tribemcl هي طريقة للتجميع البروتينات في مجموعات ذات صلة، والتي تسمى "عائلات البروتين". Bio :: Tools :: Run :: Tribemcl هي طريقة للتجميع البروتينات في مجموعات ذات صلة، والتي تسمى "Frotein Families'.synopsis استخدم Bio :: الأدوات :: Run :: Tribemcl؛ استخدام Bio :: Searchio؛ # 3 طرق لإدخال نتائج الانفجار # إخراج الانفجار الخام مباشرة إلى الأمام (NCBI أو WU-Blast) MyParams = ('Inputtype' => 'BlastFile')؛ # أو # تنسيق برنامج Markov # Protein_Id1 ProteIn_ID2 Evalue_magnituditude #factor # على سبيل المثال: # البروتينات ENSP00000257547 و ENSP00000261659 # مع تقييم درجة الانفجار من 1E-50 # والبروتينات O42187 و ENSP00000257547 # مع تقييم درجة الانفجار من 1E-119 # سيكون الدخول بلدي zray = ، ]؛ بلدي params = ('pairs' => @ الصفيف، i => '2.0')؛ # أو # تمريرة في كائن Searchio # أبطأ الأساليب الثلاثة لأنها تقوم بتحليل أكثر صرامة # من المطلوب بالنسبة لنا هنا بلدي SIO SIO = BIO :: Searchio-> New (-format => 'Blast'، "Blast.out")؛ MyParams = ('Inputtype' => 'Searchio'، I => '2.0')؛ # يمكنك تحديد المسار إلى القابل للتنفيذ يدويا بالطريقة التالية MyParams = ('Inputtype' => 'BlastFile'، I => '2.0'، 'MCL' => '/ Home / Shawn / Software / MCL- 02-150 / src / shmcl / mcl '،' matrix '=>' / home / shawn / software / mcl-02-150 / src / contrib / tribe / tribe-matrix ')؛ بلدي الحقيقة = Bio :: أدوات :: Run :: Tribemcl-> جديد (params)؛ # أو $ الحقائق -> matrix_executable ('/ home / shawn / software / mcl-02-150 / src / contrib / tribe / tribe-matrix')؛ حقائق -> mcl_executable ('/ home / shawn / software / mcl-02-150 / src / shmcl / mcl')؛ # لتشغيل بلدي $ الحقيقة = Bio :: أدوات :: Run :: Tribemcl-> جديد (params)؛ # قم بتشغيل البرنامج # إرجاع مرجع صفيف للمجموعات حيث يوجد الأعضاء هو المعرفات # على سبيل المثال: 2 مجموعات مع 3 أعضاء لكل كتلة: # $ فام = ، ] # تمر في أي مسار BlastFile / Searchio OBJ / Array Ref لتحديد عشرات My Fam = $ FACT-> تشغيل ($ Sio)؛ # طباعة مجموعات الخاص بك ل (بلدي $ i = 0؛ $ i }). "الأعضاء"؛ foreach عضوي $ (@ $ فام -> }) {print "t $ mopyn"؛ }} يتم تحقيق هذا التجميع من خلال تحليل أنماط التشابه بين البروتينات في مجموعة بيانات معينة، واستخدام هذه الأنماط لتعيين البروتينات في مجموعات ذات صلة. في كثير من الحالات، سيكون لدى البروتينات في نفس عائلة البروتين خصائص وظيفية مماثلة. ما الجديد في هذا الإصدار: بيرل

Bio :: أدوات :: Run :: Tribemcl برامج ذات صلة