Bio :: أدوات :: Run :: Primer3
التحميل الان

Bio :: أدوات :: Run :: Primer3 الترتيب والملخص

Bio :: أدوات :: Run :: Primer3 العلامات

الوحدة النمطية بيرل بيرل انتاج برنامج Primer3. primer3 الناتج primer3.

Bio :: أدوات :: Run :: Primer3 وصف

إنشاء إدخال للعمل والعمل مع الإخراج من البرنامج Primer3 Bio :: Tools :: Run :: Primer3 هو وحدة بيرل لإنشاء المدخلات والعمل مع الإخراج من البرنامج Primer3.synopsisbio :: أدوات :: Primer3 ينشئ ملفات الإدخال اللازمة لتصميم الاشعاليات باستخدام Primer3 وتوفر آليات للوصول البيانات في ملفات إخراج Primer3.This توفر الوحدة النمطية واجهة BIOPERL إلى البرنامج التمهيدي البرنامج. انظر http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html للحصول على التفاصيل وتنزيل البرنامج. يجب أن تعمل هذه الوحدة في إصدار Primer31 ولكن غير مضمون للعمل مع الإصدارات السابقة. # تصميم بعض الاشعال. # سيتم وضع الإخراج في temp.out استخدام bio :: أدوات :: Run :: Primer3؛ استخدم Bio :: Seqio؛ بلدي $ seqio = bio :: seqio-> جديد (-file => 'البيانات / dna1.fa')؛ بلدي SEQ $ = $ seqio-> next_seq؛ بلدي $ primer3 = bio :: الأدوات :: Run :: Primer3-> جديد (-Seq => $ SEQ، -OUTFile => "Temp.out"، -Path => "/ USR / BIN / PRIMER3_CORE")؛ # أو بعد الحقيقة يمكنك تغيير program_name $ primer3-> program_name ('my_suprefast_primer3')؛ ما لم يكن ($ primer3-> قابل التنفيذ) {print stderr "primer3 لا يمكن العثور عليها. هل تم تثبيته؟ "؛ خروج (-1)} # ما هي الحجج، وماذا تقصد؟ بلدي args = $ primer3-> الحجج؛ طباعة" الوسيطة معنى "؛ foreach مفتاحي $ (KEYS {$ args}) {print" $ key "، $ args {$ key}،" "} # تعيين الحد الأقصى والحد الأدنى من TM من التمهيدي $ Primer3-> Add_Targets ('primer_min_tm' => 56، 'primer_max_tm' => 90)؛ # تصميم الاشعال. هذا يدير primer3 وإرجاع a # bio :: أدوات: : Run :: Primer3 كائن مع النتائج النتائج $ = $ primer3-> run؛ # انظر الأدوات الحيوية :: Run :: Primer3 Pod for # الأشياء التي يمكنك الحصول عليها من هذا. على سبيل المثال: طباعة "كان هناك" ، النتائج $-> number_of_results، "الاشعال "؛ Bio :: أدوات :: Run :: Primer3 ينشئ ملفات الإدخال اللازمة لتصميم الاشعاليات باستخدام Primer3 ويوفر آليات للوصول إلى البيانات في ملفات الإخراج Primer3.This توفر واجهة BIOPERL للبرنامج Primer3. انظر http: // www-genome.wi.mit.edu/genome_software/other/primer3.html للحصول على تفاصيل وتنزيل Software.Developer تعليقات الوحدة النمطية بناء على واحدة مكتوبة بواسطة Chad Matsalla. لقد انفجرت بعض الكود الخاص به، وأضاف الكثير من بلدي. متطلبات: perl.

Bio :: أدوات :: Run :: Primer3 برامج ذات صلة