Bio :: أدوات :: Run :: PiseWorkFlow Bio :: أدوات :: Run :: PiseWorkflow هو فئة لإنشاء سير عمل Pise باستخدام كائنات تطبيق Pise كطرق.
التحميل الان

Bio :: أدوات :: Run :: PiseWorkFlow الترتيب والملخص

Bio :: أدوات :: Run :: PiseWorkFlow العلامات

الوحدة النمطية بيرل سير العمل سير العمل pise. كائنات تطبيق pise. بايز

Bio :: أدوات :: Run :: PiseWorkFlow وصف

Bio :: Tools :: Run :: PiseWorkFlow هو فئة لإنشاء سير عمل pise باستخدام كائنات تطبيق Pise كطرق. Bio :: Tools :: Run :: PiseWorkFlow هو فئة لإنشاء سير عمل pise باستخدام كائنات تطبيق Pise كطرق. يتم تعريف سير العمل من خلال مجموعة من الأساليب التي تثبتها جميع الطرق التي يقوم بها جميعها PISEAPPLICATION.Synopsis # أولا، قم بإنشاء أدوات سياسية :: Run :: Analystractory :: كائن Pise: My $ Factory = New Bio :: أدوات :: Run: : تحليل :: pise ()؛ # ثم قم بإنشاء كائنات التطبيق (Pise :: Run :: أدوات :: PISEAPPLIation): بلدي $ clustalw = $ factory-> البرنامج ('clustalw')؛ $ crustalw-> infile ($ my_alignment_file)؛ بلدي protur proturpar = $ factory-> البرنامج ("protpars ')؛ # يمكنك تحديد خوادم مختلفة للتطبيقات المختلفة: بلدي Protdist = $ Factory-> البرنامج ("Protur Protures" -Remote => http://kun.homelinux.com/cgi-bin/pise/5.a//protpars .pl '، email =>' your_email ')؛ # إنشاء كائن سير عمل جديد: بلدي $ سير العمل = bio :: الأدوات :: Run :: piseworkflow-> جديد ()؛ # حدد أساليب سير العمل باستخدام كائنات التطبيق: # طريقة التطبيق $ سيتلقى Protpars إخراج # نوع "ReadseQ_OK_ALIG" من طريقة التطبيق $ crustalw. $ سير العمل -> AddPipe (-Method => $ clustalw، -tomethod => protur protpars، -pipetype => 'readseq_ok_alig')؛ # طريقة التطبيق $ crustalw ستكون الأنابيب إلى أسلوب التطبيق الثاني ($ potrdist) باستخدام إخراج النوع "readseq_ok_alig". $ سير العمل-> AddPipe (-Method => $ clustalw، utomethod => $ portdist، -pipeType => 'readseq_ok_alig')؛ # طريقة التطبيق $ protpars سوف تكون $ الأنابيب إلى التطبيق # طريقة الدول $ الاستدقاء باستخدام إخراج النوع 'phylip_tree'. بلدي التزدادات = $ Factory-> البرنامج ("التزام")؛ سير العمل -> AddPipe (-Method => $ protpars، -tomethod => التزام $، -pipeType => 'phylip_tree')؛ # تشغيل سير العمل. سير العمل -> تشغيل ()؛ متطلبات: perl.

Bio :: أدوات :: Run :: PiseWorkFlow برامج ذات صلة