Asgard. ASGARD هو برنامج إعادة إعمار مسار الأيض.
التحميل الان

Asgard. الترتيب والملخص

Asgard. العلامات

مسار الأيض إعادة إعمار المسار شرح التسلسل البيولوجي الأيض مسار إعادة الإعمار

Asgard. وصف

ASGARD هو برنامج إعادة إعمار المسار الأيضي. ASGAD هو برنامج إعادة إعمار المسارات الأيضية، ولكنه يولد أيضا أنواع أخرى من التشريح بالتسلسل البيولوجي (أرقام الذهاب، تقارير الانفجار). يهدف أداة ASGGARD إلى تشغيل في الأنظمة التي يشبها UNIX، وتدعم SGE أو PBS.asgard ويتم إصدار وثائقها ضمن GNU GPL V.3 و GNU FDL V. 1.2 (يرجى الاطلاع على الوثيقة / النسخ و Doc_License ل التراخيص). يتم أيضا إصدار النقش أيضا تحت GPL، لا يتم تضمين التعليمات البرمجية المصدر مع ASGARD لأن الثنائيات المضمنة تم تجميعها دون تعديل من الأصل. إذا كنت تريد شفرة المصدر للخائن، فيرجى الاتصال بي، أو الحصول عليها مباشرة من توزيع النقش. يرجى التحقق من الدليل (DOC / ASG_MANUAUAUAL.PDF) في دليل / DOC للحصول على تفاصيل حول تثبيت واستخدام الأدوات المساعدة ASGARD ومرافقة. : -V يعرض إصدار البرنامج والمخارج؛ -H يعرض رسالة المساعدة هذه وإخراجها؛ يمكن تشغيل هذا البرنامج بدءا من تسلسل الحمض النووي الطويل أو الحمض النووي الجيني أو تسلسل البروتين. استخدم هذا الخيار إذا كان لديك تسلسل صغير للتعليق - فلن يتم تقسيمها إلى تسلسل أصغر للانفجار. (الافتراضي: تسلسل طويل) - لا يتم إنشاء ملف GFF، -g و -س؛ - هل أول انفجار أمام الجنرال ديسيبل فقط وتوقف (لا إعادة بناء الأيضية)؛ -Q تبدأ من الخطوة الثانية من خط الأنابيب (انفجار ضد الجنرال DB القيام به سابقا)؛ -ارس تفعل فقط الخطوة الأخيرة من خطوط الأنابيب (الثانية، "عكس" الانفجار بالفعل)؛ إلزامي: -I FISA ملف مع تسلسل (ق) تريد التعليق؛ -P ببرنامج الانفجار لاستخدامه، واحدة من Blastn، Blastp، BlastX، TBLASTN أو TBLASTX (الرجوع إلى وثائق الانفجار إذا كنت لا تعرف أي واحد للاستخدام)؛ -d سجل انفجار لاستخدامه (الناتج عن FormatDB، انظر مستندات الانفجار؛ لإعادة بناء الأيضية، هذه قاعدة البيانات مشتقة بشكل مثالي من Swissprot؛ للانفجار العام فقط، ستفعل أي قاعدة بيانات)؛ * -f ملف مع تسلسل Feata المقابل لقاعدة بيانات الانفجار؛ -الوضع من ملفات التعيين، اللازمة للخطوة الأخيرة من إعادة الإعمار (-z)؛ اختياري: -e القيمة الإلكترونية لاستخدامها في عمليات البحث في الانفجار (الافتراضي: 1E-6)؛ -PON لا تقدم وظائف لجدولة البرامج (PBS / SGE)؛ -J الحد الأقصى لعدد الزيارات للعودة في كل بحث عنف (10)؛ -M بتنسيق إخراج لنتائج الانفجار (صالح فقط ل -B، الافتراضي: 8)؛ حجم -S لكسر التسلسل الأصلي، إذا كنت لا تستخدم -W (500 BP)؛ -N عدد العقد لاستخدامها للانفجار، التكرار الأول (10)؛ - عدد المعالجات لكل عقدة لاستخدامها في كل أمر انفجار (1)؛ -ك تبقي الملفات الوسيط (قواعد بيانات الانفجار والنتائج)، الافتراضي يحذفها - يمكنهم تحمل مساحة كبيرة. -OB أي معلمات إضافية تريد استخدامها للانفجار، يجب أن يكون هذا محاطا به اقتباسات (مزدوجة أو مفردة)، مثل "-f f" أو '-f f'، على سبيل المثال، أو سيكون الإخراج خطأ.

Asgard. برامج ذات صلة