نظم أعمال البيولوجيا
التحميل الان

نظم أعمال البيولوجيا الترتيب والملخص

نظم أعمال البيولوجيا العلامات

طلب مادة الاحياء نظارة نظافة البيولوجيا إطار المعلومات الحيوي اللاسلكية

نظم أعمال البيولوجيا وصف

نظم Biology Workbench (SBW) هو إطار بسيط لترابط التطبيقات التطبيقية. نظم Biology Workbench (SBW) هو إطار بسيط لترابط التطبيقات التطبيقية. يستخدم المشروع بنية مقرها على الوسيط، وموزع، وعمارة تمرير الرسائل، ودعم العديد من اللغات بما في ذلك Java و C و Perl و Python، ويتم تشغيلها تحت Linux و OSX و Win32.ما ما هو SBWRESEARGER في أنظمة البيولوجيا الكمية التي تستخدم عددا كبيرا من حزم برامج مختلفة للنمذجة والتحليل والتصور والمعالجة العامة للبيانات. إن Workbench Beology Workbench (SBW)، هي إطار برامج يسمح بمكونات التطبيق غير المتجانسة - مكتوبة لغات البرمجة المتنوعة وتشغيلها على منصات مختلفة - إلى التواصل واستخدام إمكانيات بعضها البعض عبر نظام الرسائل المشفرة الثنائية السريعة. كان هدفنا هو إنشاء بنية تحتية برمجية بسيطة وعالية الأداء ومفتوحة من السهل تنفيذها وفهمها. تتيح SBW التطبيقات (يحتمل أن تعمل على أجهزة كمبيوتر منفصلة أو موزعة) للتواصل عبر بروتوكول شبكة بسيط. يتم تغليف الواجهات الموجودة في النظام في المكتبات من جانب العميل التي نقدمها لغات البرمجة المختلفة. في آخر عدد، كان هناك أكثر من 75 حزم مختلفة لمحاكاة الشبكات الخلوية (انظر www.sbml.org). وقد أدى هذا الانتشار للأدوات إلى مجموعة متنوعة من القدرات والواجهات. على الرغم من الترحيب به في كثير من النواحي، فقد أدى هذا الانتشار إلى آثار جانبية غير مرغوب فيها: 1. تستخدم كل أداة تنسيقها الخاص، وغالبا ما تكون غير موثقة، لتخزين النماذج. والنتيجة هي أنه لا يمكن تحميل نموذج محفوظ في أداة واحدة في آخر. من الواضح أن هذا يعيق Exchange المجاني للنماذج من أداة إلى أخرى. المشكلة الثانية هي أن العديد من الأدوات تكرر قدرات بعضها البعض. يتطلب كتابة أدوات المحاكاة بعض الوقت، والعديد من المشاريع قصيرة الأجل، مما يعني أن المؤلفين غير قادرين على تطوير الأدوات بعيدا جدا. نتيجة لذلك، توفر العديد من الأدوات وظيفة مماثلة. على عكس مجتمعات تطوير البرامج الأخرى، هناك تقليد قليل من إعادة استخدام التعليمات البرمجية في مجتمع بيولوجيا النظام. نتيجة لذلك، شهد المجتمع الكثير من الجهد المكرر. وقد تم توجيه تبادل المواد الأولية للمشكلة الأولى، والتي تم تناولها عن طريق التبادل النموذجي، عن طريق إدخال تنسيق قياسي لجميع كتاب الأدوات. يطلق على هذه المواصفة المعيار لغة التوصيف بيولوجيا الأنظمة (SBML) جنبا إلى جنب مع Cellml (www.cellmlmlmlmlm.org)، فإن إدخال تنسيق قياسي بدأ في إحداث تأثير كبير على كتاب أدوات، وغالبية الأدوات الأكثر استخداما الآن SBML كوسيلة لتبادل الطرز. إعادة استخدام القضية الثانية أكثر صعوبة، فهذه هي كيفية تشجيع إعادة استخدام التعليمات البرمجية في المجتمع. لقد كان محاولتنا لحل هذا هو تطوير إطار برنامج يسمى نظام أعمال البيولوجيا للنظام. يسمح بنظام العمل بأدوات مختلفة لفضح الوظائف البرنامجية لأدوات أخرى. هذا يعني أن المطور يمكن الآن أن يبني على العمل السابق دون الحاجة إلى فهم بالتفصيل الأعمال الداخلية المعقدة لأدوات أخرى. جميع المطور بحاجة إلى معرفة هي الواجهة التي تعرضها الأداة. وبالتالي، قد تعرض أداة معينة واجهة محاكاة تعتمد على الوقت من أداة للمحاكاة، ومطور أداة آخر - بدلا من اختراع أداة محاكاة أخرى - يمكن أن تستغل هذه الإمكانية وتطوير أداة جديدة يمكنها تنفيذ وظائف إضافية. يتم تقليل عبء العمل للمطور الثاني بشكل كبير، ويمكن أن يركز بدلا من ذلك على الوظائف الجديدة. هذا العمل مدعوم حاليا من خلال الدعم السخي ل DARPA و Doe.

نظم أعمال البيولوجيا برامج ذات صلة