 | موركابرنامج للعمل مع الشبكات المتوسطة وأشجار شتاينر من محاذاة التسلسلات البيولوجية. |
| التحميل الان | |
موركا الترتيب والملخص
الإعلانات
موركا العلامات
موركا وصف
برنامج للعمل مع الشبكات المتوسطة وأشجار شتاينر من محاذاة التسلسلات البيولوجية. Murka هو برنامج مجاني لاستنتاج البيلوجين البوليسيون (أي الأشجار الحد الأدنى للتكلفة) من محاذاة التسلسلات البيولوجية. النظرية وراء هذا البرنامج هي مزيج من نهجتين من الخوارزميين: بناء الشبكات المتوسطة (قدمت في أوائل الثمانينيات في الجبر وظهرت لاحقا أنها مفيدة للغاية في phylogenetics) واستخراج أشجار شتاينر من الرسوم البيانية. تتمثل ميزة هذه المجموعة بتغطية كاملة تقريبا في الحد الأدنى من أشجار التكلفة من محاذاة مصدر وتتسامح مع الأداء للعديد من الحالات بالكاد يتم حلها بالكامل بالطرق الكلاسيكية، وخاصة أولئك الذين يعملون مع طوبولوجيا. بالإضافة إلى الخوارزميات الدقيقة، تتوفر الطرق السريعة أيضا. Murka ليس أول برنامج في هذا المجال. هناك حزم برامج برمجيات متوفرة ومجانية على الأقل تستهدف العمل مع الشبكات المتوسطة. إنها شبكة هندسية فوكل و AWC Spectronet. يبدو أن Murka هو أول برنامج للمفتويض غير مع عدم وجود قيود لحقوق الطبع والنشر وتوزيعه بموجب LGPL. يشتمل Murka على حل مشكلة شتاينر من الأداء الضعيف، ومع ذلك فمن الممكن حل معظم المعايير المتوسطة الحجم (من حواف 2K-3K) في وقت معقول. تنسيقات ملفات الإدخال والإخراج متوافقة مع تلك المستخدمة من قبل شبكة Fluxus. يعمل Seeiner Solver مع ملفات STP. لتصور الشبكات الناتجة، اخترنا تنسيق .dot لبرنامج Graphviz. Murka هو برنامج سطر الأوامر تم اختباره في إطار منصات Linux و Windows. يتم دعم اثنين من منصات غاردتين حاليا: X86 (IS-32) و IA-64 (Itanium2).
موركا برامج ذات صلة
