كروموسوم :: الخريطة إنشاء صور GD لخرائط الكروموسوم
التحميل الان

كروموسوم :: الخريطة الترتيب والملخص

كروموسوم :: الخريطة العلامات

الوحدة النمطية بيرل مولد كهرباء خرائط صور جي دي - كروموسوم

كروموسوم :: الخريطة وصف

توليد صور GD لخرائط الكروموسوم ChromoSome :: Map هو وحدة بيرل التي يمكن أن تنتج ملف صورة خريطة الكروموسومات. يمكن استخدامه لرسم الخرائط الوراثية أو البدنية. يمكن إضافة العديد من المسارات (أي قائمة العلامات) إلى خريطة الكروموسومات: تتبع علامات المسار ومسار المنطقة الفاصلة QTL (انظر ملخص). تتوفر قائمة ألوان التعليمات البرمجية على الموقع http://chicken.genest.org/Documentations/chromosomeMap/#ColorsSynopsis #! / USR / BIN / PERL -W # هذا البرنامج النصي تنتج خريطة كروموسومات مع عدة علامات ومنطقة فاصل QTL #. تتم إضافة محتوى مزيف GC إلى الكروموسوم يستخدم صارما؛ استخدام الكروموسوم :: الخريطة؛ My H = (ADL120 => '25'، ADL035 => '5'، ADL034 => '4'، mcw014 => '110'، mcw123 => '89'، mcw340 => '70'، lei456 => '132' و LEI451 => '130' و lei452 => '130.5' و lei453 => '130.7' و lei454 => '131' و lei455 => '131.4' و lei457 => '132' و mcw087 => ' 50 '، MCW012 =>' 12 '، MCW051 =>' 51 '، ADL121 =>' 26 '، ADL123 =>' 27 '، ADL122 => '26 .2'، MCW114 => '45'، lei258 => '15 '، mcw240 =>' '45 .1 '، mcw247 =>' 110 '، lei556 =>' 44 '، mcw614 => '45 .2'، ADL067 => '5.3'، mcw140 => '45 .2 '، lei056 =>' '45 .6 ' ،)؛ خريطة $ $ = ChromoSome :: MAP-> جديد (-فة الطول => '140'، اسم => 'GGA5'، -NAYGE => '500'، -units => 'cm'،)؛ بلدي حجم $ = map-> get_map_size؛ وحدات بلدي $ = خريطة $-> get_map_units؛ طباعة "خريطة الحجم: $ حجم وحدات $ "؛ بلدي $ Mark_Track = ChromoSome :: MAP :: TRACK-> جديد (-NAME =>" علامات "، -Type =>" علامة "،" Marker "،)؛ My $ Qtl_Track = ChromoSome :: Map :: Track-> جديد ( -NAME => 'QTL'، -TYPE => 'الفاصل الزمني'،)؛ بلدي $ gc_track = chromosome :: خريطة :: track-> جديد (-NAME => ' GC Content'، -type => 'ميزة' ، -Display => 'نسبة "، -Render =>' التدرج '،)؛ # إضافة المسارات إلى خريطة $ map-> add_track ($ mark_track)؛ map-> add_track ($ qtl_track)؛ $ map-> add_track ( $ gc_track)؛ بلدي $ nb_track = $ map-> get_nb_tracks؛ طباعة "nb track: $ nb_track "؛ # إنشاء عناصر نسبية مزيفة وإضافتها في المسار الصحيح فقط للأغراض التوضيحية بلدي GC؛ ل (بلدي $ i = 0؛ INEW (-LOC => $ nb، -color => 'indigo'، - القيمة => $ gc {$ nb}، -ValueEpe => 'قريب'،)؛ $ gc_track-> add_element ($ gc)؛} بلدي color = qw (bluefileet darkgoldenrod الأسود softblue khaki الأحمر الأزرق الطماطم)؛ foreach بلدي دولار علامة (Keys H) {My $ i = ABS (INT (RAND COLOR)))؛ بلدي $ ماركر = chromosome :: MAP :: Element-> New (-NAME => $ Mark، Loc => $ h {$ mark}، -Color => $ color ،)؛ $ mark_track-> add_element ($ marker)؛} # تحديد عنصر QTL الخاص بي $ qtl1 = chromosome :: MAP :: Block-> جديد ( -NAME => 'BW'، -Start => '3'، -end => '11'، -Color => 'darkgoldenrod'،)؛ بلدي $ qtl2 = chromosome :: map :: block-> جديد (- الاسم => 'FAT'، -Start => '92'، -end => '100'، -Color => 'darkgoldenrod'،)؛ بلدي $ Qtl3 = chromosome :: خريطة :: Block-> جديد (-NAME => "العجاف"، -Start => '112'، end => '120'، -Color => 'darkgoldenrod'،)؛ بلدي $ qtl4 = chromosome :: map :: block-> جديد (-NAM = > 'Egg Dev'، -start => '95'، -end => '115'،)؛ بلدي $ QTL5 = ChromoSome :: MAP :: Block-> جديد (-NAME => 'IC'، -START => '91'، -end => '122'، -Color => 'bluefiolet'،)؛ بلدي $ QTL6 = ChromoSome :: MAP :: Block-> جديد (-NAME => "ولد"، -Start => '20'، -end => '130'،)؛ بلدي $ QTL7 = ChromoSome :: MAP :: Block-> جديد (-NAM => "الاستنساخ"، -ستارت => '20'، -end => '130'،)؛ $ QTL_TRACK-> ADD_ELEMENT ($ QTL1)؛ $ QTL_TRACK-> ADD_ELEMENT ($ QTL2)؛ $ QTL_TRACK-> ADD_ELEMENT ($ QTL3)؛ $ QTL_TRACK-> ADD_ELEMENT ($ QTL4)؛ $ QTL_TRACK-> ADD_ELEMENT ($ QTL5)؛ $ QTL_TRACK-> ADD_ELEMENT ($ QTL6)؛ $ Qtl_Track-> Add_Element ($ QTL7)؛ بلدي دولار PNG = $ Map-> PNG؛ بلدي $ filename_png = "chr_map.png"؛ افتح (PNG، "> $ filename_png") || يموت "لا يمكن إنشاء ملف: $ filename_png! "؛ binmode png؛ طباعة PNG $ PNG؛ إغلاق PNG؛ المتطلبات: perl.

كروموسوم :: الخريطة برامج ذات صلة