خوارزمية :: needlemanwunsch. الخوارزمية :: needlemanwunsch هو محاذاة تسلسل مع سجل شكلي.
التحميل الان

خوارزمية :: needlemanwunsch. الترتيب والملخص

خوارزمية :: needlemanwunsch. العلامات

الوحدة النمطية بيرل انتقام تسلسل محاذاة التسلسل سجل شكلي

خوارزمية :: needlemanwunsch. وصف

الخوارزمية :: needlemanwunsch هي محاذاة تسلسل مع سجل شكلي. الخوارزمية :: needlemanwunsch هي محاذاة تسلسل مع سجل تكوين. استخدام الخوارزمية :: needlemanwunsch؛ Sub Score_Sub {if (!_) {العودة -2؛ # فجوة الجزاء} العودة ($ _ EQ $ _ )؟ 1: -1؛ } My T $ Matcher = الخوارزمية :: Needlemanwunsch-> جديد (Score_Sub)؛ بلدي درجة $ = $ matcher-> محاذاة (@ @ أو أكثر) تسلسل مماثل أو سلاسل من بعض العناصر أو الشخصيات. مثال محفز قياسي هو مقارنة تسلسل الحمض النووي وأوجه التشابه الوظيفية والخلفية والاختلافات، ولكن المشكلة لديها الكثير من التطبيق على نطاق أوسع - على سبيل المثال إيجاد أطول لاحق مشترك (أي، فرق) هي حالة خاصة من محاذاة التسلسل. تعمل المحاذاة عن طريق تسجيل جميع المحاذاة الممكنة واختيار المحاذاة بالنتيجة القصوى. على سبيل المثال، قد يكون التسلسل A T C T و T G A T T S التسلسل A: A T C - T | | | تسلسل B: - T G A TOR Sequence A: - - A T C T | | تسلسل ب: T G A T - - (وطروح أخرى متعددة أخرى، بالطبع). لاحظ أن الإبرة - Wunsch تعتبر المحاذاة العالمية، على مدى كل من المتسلسلين بالكامل؛ يتم محاذاة كل عنصر مع عنصر من التسلسل الآخر، أو يتوافق مع الفجوة (التي تتماشى دائما مع عنصر - محاذاة اثنين من الثغرات لن يساعد أي شيء). هذا النهج مناسب بشكل خاص لمقارنة تسلسلات الطول المماثل وشبه إلى حد ما على طول أطواله بأكمله - وهذا هو، دون امتداد طويل لا علاقة له ببعضهما البعض. إذا كانت تسلسلاتك لا تفي بهذه المتطلبات، ففكر في استخدام المحاذاة المحلية، والتي، والتي تتحدث بدقة، ليست الإبرة - wunsch، ولكنها مشابهة بما يكفي لتطبيقها في هذه الوحدة أيضا - انظر أدناه للحصول على التفاصيل. في المثال أعلاه، تتمتع المحاذاة الثانية بغرامات أكثر من الأول، ولكن ربما تكون مهمة هيكليا وأنت تحبها قد تصطف كثيرا أنك لا تزال تفضل المحاذاة الثانية. على العكس من ذلك، إذا كانت C "هي نفسها" تقريبا مثل G، فقد تكون المحاذاة الأولى التي تتطابق بشكل أفضل. إضفاء الطويل - Wunsch على هذه الاعتبارات في مصفوفة التشابه، وتعيين المكافآت لكل (أمرت، ولكن المصفوفة متناظرة عادة بحيث لا يهم النظام) زوج من عناصر التسلسل الممكنة، بالإضافة إلى عقوبة الفجوة، وقم بترخيص الفجوة في تسلسل. يتم التعبير عن تفضيل الإزجازات على الثغرات من خلال انخفاض قيمة (بالنسبة لقيم مصفوفة التشابه، عادة سلبية) فجوة. ثم يتم تعريف درجة المحاذاة على أنها المجموع، على المواقف التي يوجد فيها تسلسل واحد على الأقل عنصر، من التشابه قيم مصفوفة مفهرسة بواسطة العنصر الأول والثاني (عند تعريف كلا الطرفين) وعقوبات GAP (للعناصر المحاذاة ب Gap). على سبيل المثال، إذا كانت مصفوفة التشابه وتشير G إلى جراء الفجوة، تسلسل المحاذاة A: تسلسل AATTCC B: A - - - T CHAS Score S + 3 * G + S S . عند عقوبة الفجوة هي 0 وتشابه مصفوفة الهوية، أي تعيين 1 إلى كل مباراة و 0 لكل تطابق، يقلل الإبرة - Wunsch لإيجاد أطول ظهور خوارزمية لزيادة النتيجة تطبيق قياسي للبرمجة الديناميكية، حوسبة درجة المحاذاة المثلى من تسلسلات فارغة و 1 عنصر وبناءها حتى تستأذ تسلسل الإدخال بأكملها في الاعتبار. بمجرد معرفة النتيجة المثلى، تعود الخوارزمية إلى العثور على مراكز الفجوة. لاحظ أنه في حين أن النتيجة القصوى فريدة من نوعها، فإن المحاذاة التي تواجهها بشكل عام ليست كذلك؛ تتيح واجهة وحدة الوحدة هذه تطبيق الاتصال بالاختيار بين المحاذاة المثلى المختلفة. الإبلاغ عن متطلبات بيرل: perl.

خوارزمية :: needlemanwunsch. برامج ذات صلة