حزمة staden. حزمة Staden هي مجموعة متطورة بالكامل من مجموعة تسلسل الحمض النووي وأدوات التحرير والتحليل.
التحميل الان

حزمة staden. الترتيب والملخص

حزمة staden. العلامات

محلل البيانات تسلسل المجسم الحمض النووي تسلسل الحمض النووي تجميع التسلسل

حزمة staden. وصف

حزمة Staden هي مجموعة متطورة بالكامل من مجموعة تسلسل الحمض النووي وأدوات التحرير والتحليل. حزمة Staden عبارة عن مجموعة متطورة تماما من مجموعة تسلسل الحمض النووي (GAP4)، وأدوات التحرير والتحليل (Spin) ل UNIX، Linux، Macosx و MS Windows.ON كانت الأمامية GAP4، كانت هناك عدة تنوع طفيف في كيفية قيامه بإلغاء تنضم الدخول الوظائف الداخلية وزر المحاذاة في محرر الانضمام.أشكال من النتيجة إلى GAP4 التغييرات المختلفة إلى io_lib (thelibrary لكل ما لدي تنسيقات ملفات التتبع المختلفة). مع إضافة برنامج New Hash_Exp، يسمح الآن بملفات التجربة إلى Beconcatenated معا وفهرستها. يتم توفير قائمة ملف التجربة Namesshould Stil إلى GAP4، ولكن تم توفير EXP_PATH ISHINVARIADE وقد تم تعيين GAP4 بشكل صحيح سيكون قادرا على جلب الأصدقاء من التجربة المتسلسلة Filearchive. التحسينات على واجهة المستخدم لهذا لا تزال بحاجة إلى Bemade.454 Archives SFF مدعومة الآن بشكل أفضل. يعمل برنامج Defsult 454 IntitesNow، على الرغم من أن برنامج Hash_SFF يمكن استخدامه لتوفير استراتيجية فهرسة نظائرية (ربما بشكل أسرع في بعض الحالات) .gap4 و Trev أيضا أسلوب عرض تتبع آخر للآثار التي تتبع عينة (قنوات X4) لكل مكالمة أساسية. في هذه الحالة، تعادل Canalso 4 قيم الثقة بدلا من 1 لكل قاعدة. تسمح هذه القدرات في تكامل أفضل من آثار SOLEXA عندما يكون المزيد Readilyavailable.Plus بالطبع المزيج المعتاد لإصلاح الأخطاء والقرص الصغير. انظر TheFull تغيير سجل للحصول على التفاصيل (عبر موقع SourceForge). أخرى ملحوظ التغييرات GAP4 أصبح "تعويض الارتباط" قابل للتعديل الآن (يؤدي هذا عناصر التحكم في متوسط درجة الارتباط اللازمة قبل النظر في المجموعات للاندماج التلقائي). تعمل قاعدة SNP الآن عن طريق توليد توافق في الآراء بدلا من طلب هوية 100. يتخطى الآن التسلسلات التي تحتوي على مذكرة Refs. يمكن دمج الدمج حتى يكون عدد المجموعات أقل من أو يساوي مبلغ محدد مسبقا (NB: غير مثالي عادة). يتم الآن منصات خلط ورق اللعب الآن معلمة "حجم النطاق" للمحاذاة. علة أيضا ثابتة في أماكن مختلفة. تم استبدال الأمر Old Editor Shuffle بواسطة منصات الشريط. الآن يزيل فقط الأعمدة بأكملها من الوسادات ولا تقوم بحركة من الوسادات على الإطلاق. سيتخلف زر محاذاة محرر الانضمام الآن بشكل أفضل مع التعامل مع محاذاة طويلة في البيانات المتكررة، ونأمل أن تتجنب رسالة "طويلة جدا للاستخدام العملي للبرمجة الديناميكية" في مثل هذه حالات. كما أن لديها الآن أزرار "" على جانبي زر "محاذاة". هذه المرساة واحدة من المحاذاة إلى وضع التداخل الحالي ثم محاذاة فقط من هذه النقطة المترددة أو اليمين. يساعد هذا على إجبار محاذاة على مرساة في موقع محدد مفيد عند محاذاة البيانات التي تتكون من عناصر متكررة متعددة. المحاذاة الموجودة عن طريق العثور على ours ours تأخذ الآن في الاعتبار درجة المحاذاة بالإضافة إلى الهوية النسبة المئوية. هذا يعني أنه لم يعد يتداخل أكثر من 100 نقطة أساس، تعتبر الهوية بنسبة 100 تعتبر تداخل أفضل من 2 كيلو بايت تداخل في 99 من الهوية. تحتوي نافذة الملاحة CONTIG الآن على صفحة وأعلى على صفحة Keybindings للصفحة السابقة للمباراة السابقة والمطابقة التالية. كما أن لديها القدرة على عرض آثار تلقائيا في المناطق المناسبة باستخدام وظيفة محرري المحفوظات "آثار العرض التلقائي". نافذة "عرض قائمة". يحتوي نافذة "عرض" الآن على زر حفظ .io_lib برامج جديدة: hash_exp، hash_sff، append_sff، استخراج_ فست . أضاف متغيرات بيئة Trace_Path و EXP_PATH للاستخدام في تفضيل RAWDATA (عند تحديدها). تستخدم الآن Libcurl بدلا من WGET للحصول على الكثير من النزاء على الويب بشكل أسرع.

حزمة staden. برامج ذات صلة