بزار اكتشاف عزر في تسلسل الحمض النووي
التحميل الان

بزار الترتيب والملخص

بزار العلامات

الوحدة النمطية بيرل بيرل تسلسلات الحمض النووي تسلسل الحمض النووي

بزار وصف

اكتشاف عزر في تسلسل الحمض النووي Seeder هو وحدة بيرل، فئة أساسية وليس المقصود أن تكون مثيل لها. هي إطار اكتشاف الحمض النووي عزر. وهي مصممة للتنبؤ الفعال والموثوق بالزخارف التنظيمية في المروجين النوى. من أجل توليد زخارف الحمض النووي، تحتاج إلى مجموعة إيجابية واحدة من تسلسل الحمض النووي بتنسيق FAISA (نعتقد أن تحتوي على عنصر تنظيم CIS مماثل) ومجموعة خلفية من تسلسل الحمض النووي بتنسيق FASTA. لتكتشف الزخارف في تسلسل الحمض النووي، اتبع هذا التسلسل : (1) توليد الفهرس (هذا الهيكل يحسن أداء حساب HD). تقييد عرض البذور إلى ما بين 6 و 8. استخدم الفهرس SEEDER :: My $ Index = Seeder :: Index-> جديد (seed_width => "6"، out_file => "6.Index"،)؛ مؤشر $-> get_index؛ (2) توليد توزيعات الخلفية. استخدام البتلة :: الخلفية؛ بلدي الخلفية $ = seeder :: الخلفية-> جديد (seed_width => "6"، Strand => "Revcom"، hd_index_file => "6.Index"، seq_file => "seqs.filefa"، out_file => "seqs. BKGD "،)؛ خلفية $-> get_background؛ (3) اكتشاف العزف. استخدام البتلة :: مكتشف. My $ finder = seeder :: finder-> جديد (seed_width => "6"، Strand => "Revcom"، motif_width => "12"، n_motif => "1"، hd_index_file => "6.Index"، seq_file => "prom.fasta"، bkgd_file => "seqs.bkgd"، out_file => "prom.finder"،)؛ $ finder-> find_motifs؛ متطلبات: perl.

بزار برامج ذات صلة