الكيمياء :: midaspattern. حدد الذرات في MacromoLecules
التحميل الان

الكيمياء :: midaspattern. الترتيب والملخص

الكيمياء :: midaspattern. العلامات

الوحدة النمطية بيرل بيرل ذرات حدد الذرات macromolecules.

الكيمياء :: midaspattern. وصف

حدد الذرات في Macromolecules الكيمياء :: midasnattern هي وحدة بيرل لتحديد الذرات في Macromolecules.synopsis استخدام الكيمياء :: midaspattern؛ استخدم الكيمياء :: ملف :: PDB؛ # قراءة جزيء بلدي $ مول = الكيمياء :: macromol-> قراءة ("test.pdb")؛ # تحدد نمطا مطابقة نمط alpha و beta # في جميع بقايا الفصال بلدي $ str = ': val @ ca، cb'؛ بلدي patt = الكيمياء :: midaspattern-> جديد ($ str)؛ # تطبيق النمط على الجزيء $ patt-> المباراة ($ مول)؛ # استخراج النتائج لبلدي Atom ($ patt-> atom_map) {printf " s s "، ATOM-> Atom-> ATM (" PDB / Residue_name ")، $ Atom-> الاسم؛} Printf "، Scalar ($ patt-> atom_map)؛ هذه الوحدة تنفذ جزئيا محرك مطابقة نمط لاختيار الذرات في macromolecules باستخدام أنماط midas / chimera. انظر http://www.cmpharm.ucsf.edu/~troyer/troff2html/midas /midas-uh-3.html#hsh-2.1 للحصول على وصف مفصل لهذه اللغة. هذه الوحدة تشترك في نفس الواجهة ككيمياء :: نمط؛ لإجراء عملية مطابقة نمط على جزيء، اتبع الخطوات التالية. كائن نمط، عن طريق تحليل سلسلة. دعونا نفترض أن كائن النمط يتم تخزينه في Patt $ وأن الجزيء هو $ Mol.2) قم بتنفيذ النمط الموجود على الجزيء عن طريق الاتصال $ Patt-> Match ($ MOL) .3) إذا $ patt-> match () تعرج TRUE، استخراج "الخريطة" التي يربط النمط إلى الجزيء عن طريق الاتصال $ patt-> atom_map. ترجع هذه الأسلوب قائمة من الذرات في الجزيء الذي يطابقه النمط. وبالتالي $ Patt-> ATOM_MAP (1) ستكون مماثلة لمتغير خاص $ 1 المستخدمة لمطابقة expresion العادية. الفرق بين الكيمياء :: نمط و perl العادية السابقين هناك ضغطات هي أن الذرات يتم التقاطها دائما، وأن كل الذرة تستخدم دائما "فتحة" واحدة. متطلبات: perl.

الكيمياء :: midaspattern. برامج ذات صلة