الذهاب :: Termfinder.
التحميل الان

الذهاب :: Termfinder. الترتيب والملخص

الذهاب :: Termfinder. العلامات

الوحدة النمطية بيرل بيرل وحدة تحديد الذهاب العقد جينات قيمة P

الذهاب :: Termfinder. وصف

Go :: Termfinder هو وحدة بيرل التي يمكن أن تحدد العقد GO التي تعلق مجموعة من الجينات ذات قيمة فئة P. انتقل :: Termfinder هو وحدة بيرل التي يمكن أن تحدد العقد Go التي تعلق على مجموعة من الجينات ذات قيمة كبيرة P-Value.هذه الحزمة تهدف إلى توفير طريقة حيث يمكن تحديد قيم P- مجموعة من التعليقات التوضيحية ل مجموعة من الجينات، استنادا إلى عدد الجينات الموجودة في الجينوم المعين (أو في توزيع خلفية محددة من الجينوم)، وإشرارها، والتردد الذي يتم فيه تفريغ العقد الذهاب في مجموعة من الجينات المقدمة يتم احتساب قيمة P ببساطة باستخدام توزيع Hypergeometric كاحتمال X أو أكثر من الجينات N التي لها شرح معين، بالنظر إلى أن G من N لديه الشرح في الجينوم بشكل عام. اخترنا توزيع Hypergeometric (أخذ العينات دون استبدال) نظرا لأنه أكثر دقة، رغم أن أبطأ لحساب، من خلال التواصل الحدومي (أخذ العينات باستخدام استبدال). في الإضافة، يمكن حساب قيمة P تصحيح، لتصحيح اختبار فرضية متعددة. يعد عامل التصحيح المستخدمة هو إجمالي عدد العقد التي يتم تفاحها قائمة الجينات المقدمة، باستثناء أي العقد التي لها شرح واحد فقط في الخلفية، كأحيي، نعرف أن هذه لا يمكن تخصيبها بشكل كبير. يمكن للعميل الوصول إلى كل من القيم المصححة والمتصور. من الممكن أيضا تصحيح قيمة P باستخدام 1000 محاكاة، والتي تتحكم في معدل الخطأ الحكيم الأسرة - باستخدام هذا الخيار يشير إلى أن تصحيح Bonferroni في الواقع ليبرالية إلى حد ما، بدلا من المحافظ، كما قد يكون متوقعا. أخيرا، يمكن أيضا احتساب معدل الاكتشاف الخاطئ. الفكرة العامة هي أن قائمة الجينات قد تم تحديدها لسبب ما، على سبيل المثال إنها coregulated، ويمكن استخدام Termfinder لمعرفة ما إذا كانت أي عقد يعلق على مجموعة الجينات إلى مستوى غير مناسب للغاية إذا تم اختيار الجينات ببساطة عشوائيا. متطلبات: perl.

الذهاب :: Termfinder. برامج ذات صلة