التبييض إنشاء والحفاظ على "حزم مرجعية" Phylogenetic للتسلسلات البيولوجية
التحميل الان

التبييض الترتيب والملخص

التبييض العلامات

مكتبة بيثون بيثون بيولوجي التسلسلات البيولوجية تسلسلات

التبييض وصف

Texxtastic هي وحدة بيثون المستخدمة لبناء والحفاظ على الحزم المرجعية - أي مجموعات من الأشجار المرجعية، محاذاة المراجع، والملفات الشخصية، والمعلومات التصنيفية المرتبطة التصنيفية المرتبطة بها. ضريبة Taxit.pyc {info، الاستعادة، المساعدة، إنشاء، تحديث، New_Database، وأقرع، والكوسيدس، والشريط، add_nodes، rollforward، تحقق، إضفاء} ... إنشاء والتحقق من صحة وتعديل الحزم المرجعية للاستخدام مع `Pplacer` والبرامج ذات الصلة. الوسائط. مساعدة للإجراءات باستخدام "مساعدة add_nodes إضافة عقد جديدة إلى قاعدة بيانات تحتوي على تصنيف. تحقق التضاعيس / الشركات الفرعية / check.py تشغيل سلسلة من الشيكات أعمق على refpkg. هذه اللجنة الفرعية عبارة عن مجمع حول طريقة Refpkg is_ill_formed. معلومات عرض معلومات حول الحزم المرجعية. قم بإنشاء إنشاء حزمة مرجعية NEW_DATABASE لإنشاء ملف CSV الذي يصف الأنساج لمجموعة من Taxa إعادة تأكيد ضوضاء التصيد بشكل ضيف يضيف تحديث الحزمة المرجعية أو تحديث الملفات أو MetData في refpkg. يأخذ برنامج التحديث الفرعي refpkg للعمل عليها، ثم سلسلة من التغييرات التي يتم إجراؤها، معبر عنها ككلف = ملف. لذلك لإضافة ملف ../otherdir/boris تحت المفتاح "MEEP" و ABCD تحت مفتاح "Hilda" في "My- reppkg" refpkg، وسوف تقوم بتشغيل تحديث إضافي $ My-Refpkg Meep = .. / Otherdir / بوريس هيلدا = ABCD إذا كان الملف موجودا بالفعل تحت مفتاح معين، فهو غريب. تمرير TaxIt Update يجعل خيار - Mettata يقوم بتحديث البيانات الوصفية بدلا من الملفات. على سبيل المثال، لتعيين حقل المؤلف إلى "Genghis Khan" والنسخة إلى 0.4.3، قم بتشغيل MetaData "المؤلف = Genghis Khan" الإصدار = 0.4.3 Taxids ابحث عن مجموعة من Tax_ids من الأسماء التصنيفية يقوم بإنشاء ملف CSV الذي يصف الأنساخ لمجموعة من قطاع Taxa يزيل جميع معلومات التراجع والملفات المذكورة غير المرفقة بالحالة الحالية من Refpkg. $ Taxit Strip My-Refpkg Roll Roll Rollback A Refpkg للتراجع عن الأمر السابق. Taxit Rollback My-Repback My-Refpkg يمكنك أيضا تحديد -n # لتحديد عدد العمليات لإعادة التوجيه (الإعدادات الافتراضية إلى 1)، كما هو الحال في Taxit Rollback -n 3 My-Refpkg Rollforward Rollforward A Crade Back Rollfored على refpkg. Taxit $ Rollforward My-Refpkg يمكنك أيضا تحديد -n # لتحديد عدد العمليات للتراجع إلى الأمام (الإعدادات الافتراضية إلى 1)، كما هو الحال في Taxit Rollforward -n 3 My- Refpkgoptional: -H، - - - - عرض هذه المساعدة الرسالة والخروج - - - - طباعة رقم الإصدار والخروج من -V، - زيادة ضغط الدم من إخراج الشاشة (على سبيل المثال، -V هو Verbose، -VV المزيد) PYC الصفحة الرئيسية المنتج

التبييض برامج ذات صلة