إهمال alignaid هو وحدة perl التي تعمل بسهولة على محاذاة التسلسل محليا أو على كتلة.
التحميل الان

إهمال الترتيب والملخص

إهمال العلامات

الوحدة النمطية بيرل تسلسل محاذاة التسلسل محاذاة الكتلة AlignAid المحاذاة

إهمال وصف

Alignaid هي وحدة بيرل التي تعمل بسهولة على محاذاة التسلسل محليا أو على كتلة. alignaid هو وحدة بيرل تعمل بسهولة على محاذاة التسلسل محليا أو على كتلة. استخدام alignaid # إنشاء كائن Alientiid # وظيفة واحدة، وظيفة الانفجار المحليا هي الافتراضي بلدي وظيفة $ = alignaid-> جديد (dB => 'my_blast_db'، dir => $ dir، fasta => 'my_query.fa'، prog_args => 'v = 20 -Nonnegok')؛ # قم بتشغيل المهمة في المضيف الحالي لي Return_Value = $ Job-> إرسال (Outfile => 'my_results.out')؛ # قم بإنشاء كائن Cross_Match Cross_Match # حدد برنامج المحاذاة وقائمة الانتظار لتجاوز الإعدادات الافتراضية الخاصة بي Job2 = Alignaid-> جديد (برنامج => 'cross_match'، db => 'my_db.fa'، dir => $ dir، fasta => 'my_query_sqs.fa' أو قائمة انتظار => 'LSF')؛ # أرسل وظائف cross_match إلى قائمة انتظار LSF (من العقد حساب) بلدي إرجاع $_Value2 = $ Job2-> إرسال (Outfile => 'my_output')؛ # قتل وظائف في قائمة الانتظار بلدي Return_Value3 = $ Job2-> kill_all؛ alignaid مصمم لجعلها سهلة لتشغيل انفجار برامج محاذاة التسلسل و cross_match. يمكن أن يقبل Alientaid عددا كبيرا من تسلسل الاستعلام. إذا تم توفير قائمة انتظار نظام المجموعة مثل LSF أو PBS، فيمكن أن تقوم ALIADAID بتقسيم الاستفسارات تلقائيا في وظائف قائمة انتظار متعددة. إظهار، إذا كنت ترغب في تشغيل المحاذاة محليا في مضيف واحد، فإن تغيير واحد هو كل ما هو ضروري - Alignaid سيعتني بكيفية استدعاء برامج المحاذاة وإدارة الإخراج. لديها أيضا الدعم البدائي للتحكم في وظيفة قائمة انتظار LSF؛ من الممكن قتل الوظائف من خلال واجهة Alignaid. ما الجديد في هذا الإصدار: بيرل

إهمال برامج ذات صلة